توجه به کشاورزی خرد برای ساماندهی به وضعیت کشاورزی کشور از جمله ضروریات است. یکی از الزامات کشاورزی خرد تأمین منابع مالی است. فرایندهای تأمین و تخصیص منابع با چالش‌های متعدد و متنوعی مواجه است. همچنین انتخاب راهبرد مناسب جهت مواجهه با چالش‌ها نیازمند اولویت‌بندی بین مسائل است. در این پژوهش با استفاده از مرور نظام‌مند اسناد علمی و مصاحبه با خبرگان حوزه تأمین مالی کشاورزی چالش‌های تأمین مالی کشاورزی خرد شناسایی شده و با استفاده از تحلیل مضمون تحلیل شدند. آنگاه با استفاده از مقایسات زوجی چالش‌های شناسایی شده در نظر خبرگان اولویت‌بندی شدند. نتایج آن به وسیله‌ی روش تحلیل سلسله مراتبی برای سه بخش موضوعی تحقیق شامل نهادهای سیاستی، نهادها و بازارهای مالی و کشاورزان خرد استخراج و اولویت‌بندی شدند. در نهاد سیاستی سازوکارهای نامناسب حمایت از کشاورزان خرد، در نهادها و بازارهای مالی توسعه ناکافی ابزارهای تأمین مالی متناسب با کشاورزی خرد و در قسمت چالش‌های کشاورزان خرد سواد ناکافی مالی و کارآفرینی کشاورزان خرد در اولویت چالش‌ها قرار گرفتند. همچنین در بین سه دسته‌بندی انجام شده نهادهای سیاستی مهم‌ترین مورد در بین سه دسته از منظر خبرگان قرار گرفتند. سپس هر یک از چالش‌ها ذیل بخش‌های تعریف شده تشریح و تبیین شدند. در نهایت پیشنهادات سیاستی، اجرایی و پژوهشی ناظر به نتایج پژوهش ارائه شده است.